Năm Khang Hi thứ 56 (1717), một thủ lĩnh bộ tộc Dzungar (sử Thanh chép là 准噶尔 - Chuẩn Cát Nhĩ) là Tsewang Arabtan (sử Thanh chép là 策妄阿拉布坦 - Sách Vọng A Lạp Bố Thản) bất ngờ giết chết Lha-bzang Khan (sử Thanh chép là 拉藏汗 - Lạp Tàng Hãn), cũng chính là cha vợ của ông ta, dẫn quân chiếm cứ Tây Tạng, tìm cách khống chế Đạt-lại Lạt-ma.[2] Đề đốc Tứ Xuyên là Khang Thái dẫn quân đánh dẹp, nhưng trên đường đi binh sĩ lại bất ngờ nổi loạn, Khang Thái đành phải rút về. Niên Canh Nghiêu biết được, một mặt sai Tham tướng Dương Tận Tín phủ dụ trấn an binh sĩ, mặt khác mật báo về triều đình; đồng thời xin cho mình được giải quyết việc này. Khang Hi khen ngợi Niên Canh Nghiêu tận tâm làm việc, rồi phái Đô thống Pháp La dẫn binh vào Tứ Xuyên giúp ông dẹp phản loạn. Do Tuần phủ không có quyền sử dụng binh lính mà ở Tứ Xuyên việc quân lại rất quan trọng nên năm sau đó đã thăng chức cho Niên làm Tổng đốc Tứ Xuyên kiêm việc Tuần phủ đốc quân Tứ Xuyên vào Tây Tạng dẹp loạn. Năm Khang Hi thứ 59 (1720), Niên được thụ phong chức Định Tây Tướng quân, phò tá Phủ viễn Đại tướng quân Dận Đề dẹp loạn.

Do lập được nhiều công trạng, năm sau Niên được gọi về chầu Khang Hi và được thăng Tổng đốc Xuyên Thiểm, được ban thưởng cho cung tên và nhiều vật phẩm khác.